Ağstafanın tarixi məlumat kitabçalarında şəhərin XIX əsrin ikinci yarısında, bu yerlərdə dəmir yolunun çəkilişi zamanı yarandığı göstərilir. İndi şəhərin yerləşdiyi yerdə yaxınlıqdakı kəndin adı ilə Ağstafa adlandırılan dəmir yolu stansiyasının əsası qoyulmuşdur. Tezliklə kənd və stansiya birləşərək şəhər statusu almışdır. Ağstafaya şəhər statusu 1941-ci ildə verilib.
Şəhərin iqtisadiyyatı çoxşaxəlidir. Şəhərdə toxuculuq fabriki və şərab zavodları var.
Burada müxtəlif ixtisaslar üzrə Ağstafa müəssisələri fəaliyyət göstərir. Amma Ağstafanın iqtisadiyyatında quşçuluq fabriki, pambıqtəmizləmə zavodu, elektrik stansiyası, kərpic-keramika zavodu kimi müəssisələri əsas rol oynayır. Şəhərə böyük şöhrəti əslində bütün şəhərin yaranmasının başlanğıcı olan böyük dəmir yolu deposunun qurulması gətirildi.
Şəhərdən bir qədər aralıda mis, tunc və dəmir dövrlərinə aid bir neçə kurqan qalmaqdadır.