Agentlik ölkədə kiçik və orta biznesin inkişafını dəstəkləyən, KOB subyektlərinə bir sıra xidmətlər göstərən, dövlət orqanlarının bu sahədə xidmətlərinin əlaqələndirilməsini və tənzimlənməsini həyata keçirən publik hüquqi şəxsdir və İqtisadiyyat Nazirliyinin tabeliyində fəaliyyət göstərir.
Agentliyin fəaliyyətinə rəhbərliyi 7 nəfərdən ibarət Müşahidə Şurası həyata keçirir. Agentliyin Müşahidə Şurası Azərbaycan Respublikasının maliyyə, əmək və əhalinin sosial müdafiəsi və kənd təsərrüfatı nazirlərinin müavinlərindən, İqtisadiyyat Nazirliyi yanında Dövlət Vergi Xidmətinin nümayəndəsindən, Azərbaycan Respublikasının Prezidenti yanında Vətəndaşlara Xidmət və Sosial İnnovasiyalar üzrə Dövlət Agentliyi sədrinin müavinindən və Azərbaycan Respublikası Sahibkarlar (İşəgötürənlər) Təşkilatları Milli Konfederasiyasının prezidentindən ibarətdir. Agentliyin Müşahidə Şurasının sədri iqtisadiyyat naziridir.
Agentliyin fəaliyyətinə cari rəhbərliyi 5 üzvdən ibarət İdarə Heyəti həyata keçirir.