Şəki I əsrdə Albaniya dövlətlərinin ən böyük şəhərlərindən biri olmuşdur. Qədim albanların əsas məbədi orada yerləşirdi. Şəki krallığı Şəki ərəb istilasından əvvəl mühüm siyasi və iqtisadi şəhərlərdən biri olmuşdur.

Şəki xanlığı XVIII əsrdə Qafqaz xanlıqları arasında ən güclü feodal dövlətlərindən biri olmuşdur. Şəki xanlığının mövcud olduğu dövrdə şəhərin yerli əhalisi ipəkçilik, sənətkarlıq və ticarətlə məşğul olurdu. 

Tarix boyu şəhər dəfələrlə dağıntılara məruz qalmış və buna görə hazırda qorunan ən qədim tarixi və memarlıq abidələri yalnız XVI-XIX əsrlərə aiddir. Əsrlər boyu Şəki ipəkçiliyin mərkəzi kimi məşhur olmuşdur. Əvvəlcə Kiş çayının sol sahilində yerləşən şəhər təpədən aşağıda yerləşirdi, lakin Şəki 1772-ci ildə dağıdıcı seldən sonra indiki yerinə köçürüldü və Şəki xanlığının paytaxtı oldu. Yeni yer Nuxa kəndinin yaxınlığında olduğu üçün 1968-ci ilə qədər Şəki adını aldıqdan sonra şəhər Nuxa kimi də tanındı.

2012-ci ildə abadlıq və tikinti sahəsində görüləcək işlər müəyyənləşdirildi: Şəki Şəhər İcra Hakimiyyəti və Memarlıq Şəhərsalma Komitəsi ilə birlikdə Şəki şəhərinin Baş Planı hazırlanmışdır. Baş Plana əsasən, genişləndirmə işləri ilə yanaşı bir sıra infrastruktur layihələrinin həyata keçirilməsi planlaşdırılırdı.

Kiş kəndindəki Alban kilsəsi, Şəki Xan Sarayı, Şəkinin Yuxarı və Aşağı Karvansaraları, Gilahlı Məscidi və ya Gileyli Məscidi, Gələrsən-Görərəsən qalası Şəkinin əsas tarixi abidələridir.